Kukës város Albánia északkeleti részén, Shkodra városától légvonalban 75 kilométerre keletre, a koszovói határ közelében, a Drin folyó völgyében felduzzasztott Fierzai-tó partján. Kukës megye székhelye, megyéjén belül Kukës község, valamint Kukës alközség központja. Ez utóbbi közigazgatási egység a városon kívül két másik települést foglal magában (Drinas és Gostil). A 2011-es népszámlálás alapján az alközség népessége, ezzel Albánia tizenhetedik legnépesebb városa. A mai Kukës az 1970-es években épült szocialista város lakótelepekkel, mára nagyrészt elhagyott nehéz- és könnyűipari létesítményekkel, de kedvelt kiindulópontul szolgál a környező természeti értékeket (Albán-Alpok, Valbona-völgy, Fierzai-tó vidéke, Korab-hegy stb.) felkereső turisták számára.
Kukës a Fekete- és a Fehér-Drin összefolyásánál, a Drin vizéből 1976-ban felduzzasztott Fierzai-tó déli partján terül el. Geológiai értelemben a Mirditai-fennsík szerpentinövezetéhez tartozik, természetföldrajzi szempontból azonban a Drin völgye által elválasztott Albán-Alpok és az attól délre elterülő Közép-Albán-hegység közé ékelődik. A várostól 8 kilométerre délkeletre emelkedik a Gjallica-hegy 2489 méteres csúcsa. Az országban itt a legalacsonyabb az évenkénti napsütéses órák száma (2000 óra).
A várost Albánia központi részeivel az A1-es autópálya köti össze, amely Koszovó irányába vezet tovább.
